In de kerk van Huizinge staan twee orgels.

Allereerst het Van Dam orgel. Het werd gebouwd door de gebroeders Luiten Jacob en Jacob van Dam in 1825, en is geheel ongewijzigd de tijd doorgekomen. Het was aan de kerk geschonken door jonkheer Goosen Geurt Alberda van Dijksterhuis uit Pieterburen. Deze man was de unicus collator van de kerk in Huizinge. Hij schonk ook een orgel aan de kerk van Eenrum. In beide kerken had niet eerder een orgel gestaan. De kas is een aantal maal geschilderd in een andere kleur. In 1960-1963 werd de kerk gerestaureerd, en het orgel opgeslagen. Het werd in 1967 door J.P. Vos uit Groningen gereviseerd. In 1998 voerde Mense Ruiter een restauratie uit.

De dispositie:
Hoofdwerk: Bourdon 16′ (discant), Prestant 8′, Holpijp 8′, Octaaf 4′, Quint 3′, Octaaf 2′, Mixtuur III-IV-V sterk, Cornet III-IV sterk (discant), Trompet 8′ (gedeeld).
Bovenwerk: Holpijp 8′ (gedeeld), Viool de Gambe 8′ (discant), Prestant 4′, Fluit 4′, Fluit 2′.
Pedaal: Aangehangen.

De omvang van de manualen is C-f’’’, van het pedaal C-f.
De toonhoogte van het orgel is  A = 428 Hz.

De kerk van Huizinge beschikt ook over een Van Vulpen positief. Dat werd gebouwd in 1956 voor een kerk in Hendrik Ido Ambacht en verhuisde via twee locaties in Nuenen (1970 en 1999) naar Huizinge, alwaar het in 2014 door orgelbouwer Sicco Steendam in het koor werd geplaatst. Het wordt vooral gebruikt bij vieringen of gedeelten van vieringen die in het koor plaats vinden en ter ondersteuning van de cantorij.

De dispositie:
Manuaal: Holpijp 8′, Prestant 4′, Roerfluit 4′, Octaaf 2′, Mixtuur II sterk (gedeeld).
Pedaal: Aangehangen.
De omvang van de manualen is C-f’’’, van het pedaal C-d’.
De toonhoogte is A = 440 Hz.